為了回應衛福部(時稱衛生署)之衛生政策，本所於2008年起遂開始規劃口腔癌整合型研究計畫。2015年起延伸至食道癌乃至頭頸癌的研究，並將鼻咽癌研究團隊納入整併成上呼吸消化道癌研究群。
口腔癌整合型研究
與成大醫院合作完成40位具有抽菸、喝酒、嚼檳榔習慣的男性口腔癌病患的癌症與非癌症組織之微陣列分析。本口腔癌轉譯醫學研究計畫自2011年啟動，藉由研究平台之建置以支持計畫之進行。包括：(1) 基因表達及基因體分析研究平台；(2) 致癌劑誘導小鼠口腔癌化之動物研究平台； (3) 致癌劑誘導口腔細胞癌化轉型之細胞研究平台；(4) 口腔癌風險因素研究資料庫。上述4個研究平台為口腔癌研究之串連，亦是本研究團隊最大的特色與利基。2015年起本整合型計畫則持續聚焦於探討外在因子-環境因子，如菸、酒、檳榔、口腔細菌引起的發炎等對罹患口腔癌的影響；及內在因子-包括基因調控及抗藥性等方向，藉以開發有效之生物標記、進行化學預防及找到治療標的，希冀能藉由實證醫學研究以支持政府癌症防治政策之推動。
口腔癌研究1
口腔癌研究2
鼻咽癌研究
此研究團隊由陳振陽特聘研究員領導，著重探索EB病毒再活化在鼻咽癌的發病機制和進展中扮演重要角色之新概念。 其旨在確定新的治療目標、發展疾病預防和治療之新策略，並將其轉化為臨床研究。 過去幾年該團隊的主要成果總結如下圖。
鼻咽癌研究
陳振陽教授進一步提出預防EB病毒再活化的輔助性治療將是未來的治療策略，其可能降低鼻咽癌病人在放射治療後的復發。故在本所TCOG架構下與13家醫院合作進行多中心「鼻咽癌患者治療緩解後EB 病毒再活化與膳食補充品兒茶素對病毒再活化之影響 」 隨機分組試驗，此計畫獲得NRPB國家型計畫補助，目前已於2017年10月完成預期個案數收錄，個案持續試驗藥物治療中，研究成果預計在2019年發表。
肺癌研究 (癌症生物資訊核心)
非小細胞肺癌患者其癌細胞若為EGFR基因突變者，通常在接受EGFR-TKI標靶藥物的治療時，相對於傳統鉑類化療藥物之治療而言，會有較好的無病存活預後。然而仍有許多EGFR基因突變的晚期非小細胞肺癌患者，其預後存活仍舊不好。所以肺癌的治療在臨床上需要能夠預測接受此類標靶藥物的治療預後的標記。本研究團隊與本院群健所及國內肺癌研究團隊合作，成功地利用性狀、遺傳變異、與基因表現轉錄體之三相間的關聯分析，從大量的基因體學數據分析，在染色體4q12區域找到了與肺腺癌病患接受第一線EGFR-TKI標靶藥物治療之無病存活期有關之遺傳變異。這些變異，皆和已知影響EGFR-TKI標靶藥物治療效果的因子，例如EGFR基因的突變，或是BIM基因的遺傳變異等皆無關聯，顯示此4q12遺傳變異極有潛力發展成為EGFR-TKI標靶治療時的伴隨式診斷標記。當在評估不吸菸之肺腺癌患者是否適合接受標靶治療時，除了現行考慮EGFR基因是否突變外，可再參考抽血檢驗即可得知的標靶藥物治療反應相關之基因型為何，方能找出真正能夠受益之病患，提高治療品質並降低健保不必要之支出。本研究成果已發表於2017 Am J Respir Crit Care Med. 195: 663-673. (IF=13.118)，是全球第一個肺癌標靶治療之預後遺傳標記之報導。
AXL已知與某些肺癌病患對於EGFR抑制劑之標靶療法產生抗藥性有直接的關係，因此，研究AXL基因表現的調控機制，將有助預防或避免癌症細胞於治療過程中產生抗藥性。研究發現RNA結合蛋白PTBP1 (Polypyrimidine Tract-Binding protein-1)可透過其與AXL之mRNA之5’-UTR調控其表現量，證明其主要係經由降低AXL mRNA之穩定性來達成。與先前我們發現miR-34a可透過其作用在AXL mRNA之3-UTR而抑制其表現有異曲同工之妙。因為AXL已被證明與某些肺癌病患之標靶療法的抗藥性有密切關係，此調控機制將來或有臨床用處。本研究成果正投稿於Oncotarget期刊。
